Christoph Wagner wuchs in Stuttgart auf und war seit seinem neunten Lebensjahr langjähriges Mitglied der Stuttgarter Hymnus-Chorknaben. Schon früh erhielt er eine breite musikalische Ausbildung in Klavier, Oboe und Orgel und legte das C-Examen an der Kirchenmusikschule Rottenburg ab.

An der Musikhochschule Stuttgart studierte er Schulmusik mit Hauptfach Oboe sowie Geschichte an der Universität Stuttgart. Während dieser Zeit sammelte er Erfahrungen als Orchestermusiker in verschiedenen Ensembles und Orchestern und war zudem als Herausgeber diverser Musikpublikationen tätig.
 
Über 21 Jahre unterrichtete Wagner am Ferdinand-Porsche-Gymnasium Zuffenhausen, bevor er 2018 an das Königin-Katharina-Stift Gymnasium Stuttgart wechselte. Nachdem er viele Jahre als Fachberater für Musik am Regierungspräsidium Stuttgart tätig war, ist er seit 2019 Musik-Fachreferent am Zentrum für Schulqualität und Lehrerbildung Baden-Württemberg.
 
Seit seinem Studium leitet er verschiedenste vokale und instrumentale Ensembles, sowohl innerhalb als auch außerhalb des schulischen Kontextes. 2016 wurde ihm vom Kultusministerium Baden-Württemberg die Gesamtleitung des Schüler-Symphonie-Orchesters Baden-Württemberg übertragen.